dafa888

  dafa888
dafa888dafa888 >  中国科学人 >哈工大张岩教授:超级增强子数据库SEAv.3.0  

导语:
       超级增强子(Super-enhancer,SE)是基因组中大量增强子富集的转录调控区域,能够大幅度地激活基因的表达,且具有较高的组织特异性,在发育、肿瘤等过程中均扮演着重要的角色……



哈工大张岩教授:超级增强子数据库SEAv.3.0

哈尔滨工业大学生命科学与技术学院张岩教授课题组近期发表了题为“SEA version 3.0:a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer”的文章,开发了最新版本的超级增强子数据库SEAv.3.0(http://sea.edbc.org),集超级增强子查询,下载,可视化,分析于一体的综合平台,提供标准查询、基因组浏览器、个性化分析工具和SEs数据下载…… 详细全文




超级增强子(Super-enhancer,SE)是基因组中大量增强子富集的转录调控区域,能够大幅度地激活基因的表达,且具有较高的组织特异性,在发育、肿瘤等过程中均扮演着重要的角色。

哈尔滨工业大学生命科学与技术学院张岩教授课题组近期发表了题为“SEA version 3.0:a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer”的文章,开发了最新版本的超级增强子数据库SEAv.3.0http://sea.edbc.org),集超级增强子查询,下载,可视化,分析于一体的综合平台,提供标准查询、基因组浏览器、个性化分析工具和SEs数据下载。

这一成果公布在Nucleic Acids Research上,文章通讯作者为张岩教授,第一作者为陈传庚、周殿双。


数据库存储了11个物种164,545个超级增强子(人,小鼠,果蝇,线虫,斑马鱼,鸡,黑猩猩,恒河猴,绵羊,非洲爪蟾和棘背鱼)以及3,361,785个典型增强子。同时提供超级增强子区域的染色质相互作用、SNPs、转录因子结合位点和SpCas9靶位点的信息。

嵌入基于香农熵的工具用于评估SEs细胞类型的特异性。研究人员通过SEA v.3.0的基因组浏览器,可实现基于Hi-C数据的SEs空间交互可视化以及SEs相关基因的在线功能富集分析。

张岩教授指出:“超级增强子作为细胞识别基因的重要调控子,其调控机制的深入解析将有助于揭示干细胞多能性、定向分化和癌症重要的调控子。对于具体癌症类型中的超级增强子的识别和深入分析将为个体医疗提供重要的靶标。SEA v. 3.0提供了跨多个物种的所有可用SE信息的全面数据库,并将促进超级增强子的研究,特别是与发育和疾病相关的研究。”

更多内容:
Nature子刊:视频捕捉到增强子开启基因的全过程
挑战教条主义:你认为重新排列染色体会影响它们的功能吗?
RNAseq抓拍到了基因组暗物质活性与精神疾病之间的联系
Nature Genetics:打破原有观点,发现四肢真正的起源
近200个新非编码DNA如何影响癌症?


 
作者简介:
张岩教授


图片来源:张岩教授

哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院的“计算表观遗传学课题组”由日本留学归国的张岩教授组建。张岩教授,1992年毕业于哈尔滨医科大学,2003年毕业于日本新泻大学,获理学硕士学位,2006年于日本新泻大学获理学博士学位,同年被聘为哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院的教授,几年来一直从事生物信息学和计算表观遗传学领域的教学和科研工作。

张岩教授所带领的计算表观遗传学课题组致力于表观遗传领域的高通量数据挖掘的算法和软件开发,可视化网络平台及数据库构建。随着下一代测序技术的不断发展,越来越多的表观遗传数据涌现出来,目前课题组正致力于整合不同的表观遗传修饰研究发育过程、肿瘤发生等等生物学过程中的表观遗传调控机制,这些生物学过程中表观遗传标记的识别将对癌症等复杂疾病的治疗具有重要的作用。已经开发了差异甲基化区域筛选方法QDMR、人类组蛋白修饰数据库HHMD、功能CpG岛预测CpG_MI、识别乳腺癌超甲基化基因、全基因组甲基化位点预测及分析、发现组蛋白组合模式的方法、印记基因预测等软件和数据库平台。2010年10月,张岩教授带领课题组成员参加在浙江大学举办的第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会,并作题为“差异甲基化区域筛选方法”的大会报告,受到很大的关注,墙报展览获得优秀奖。

欲了解计算表观遗传学课题组更多信息,请查看: http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/gcer/



 

版权所有 dafa888
Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved