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dafa888dafa888 >  今日动态 > 专题总汇 > 单细胞RNA测序,众多研究都pick它!

导语:
      多细胞测序和单细胞测序,你pick谁?如今,大多数研究人员也许会选择后者,因为不一样的角度,会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究,可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环境。它还有助于我们了解其他的复杂生物系统,比如中枢神经系统和免疫系统。
      如今,单细胞分选工具和建库技术的成熟,以及新一代测序技术的普及,让人们能够高通量地开展单细胞RNA测序(scRNA-seq)。考虑到单细胞实验通常缺乏空间关系,新的方法和算法也将单细胞基因表达的测定与组织内的空间定位结合起来。更多>>
      以“Single Cell RNA Sequencing”作为关键词在PubMed数据库中搜索,相关文献逐年增多,2019年更是达到1,777篇。下面我们就来看看单细胞RNA测序技术有哪些进步,以及今年发表了哪些成果。


细胞图谱

    浙江大学郭国骥团队绘制首个单细胞水平人类细胞图谱

发表期刊:Nature
文章题目:Construction of a human cell landscape at single-cell level
发表日期:2020年3月25日

跨越胚胎和成年两个时期,涵盖八大系统,建立70多万个单细胞的转录组数据库,鉴定人体100余种细胞大类和800余种细胞亚类……近日,世界首个单细胞水平的人类细胞图谱在浙大绘制成功了。这项研究首次从单细胞水平上全面分析了胚胎和成年时期的人体细胞种类,研究数据将成为探索细胞命运决定机制的资源宝库。 详情>>


    中外团队联合绘制小鼠内皮细胞的单细胞图谱

发表期刊:Cell
文章题目:Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells
发表日期:2020年2月20日

内皮细胞是位于我们所有血管内部的专门细胞层,最新研究证实了这些细胞能够适应周围环境,适应器官的各种功能和需求。在这篇论文中,比利时鲁汶癌症研究所、中山大学等机构的研究人员对小鼠脑,肺,肝,结肠,小肠,睾丸,肾脏,脾脏,心脏和不同肌肉群的血管中的内皮细胞进行了鉴定。结果令研究人员感到惊讶。 详情>>


    暨大团队绘制胚胎造血细胞发育图谱

发表期刊:Nature
文章题目:Deciphering Human Macrophage Development at Single-Cell Resolution
发表日期:2020年5月20日

通过高精度的单细胞转录组测序技术,研究人员绘制了人胚(孕8周内)的造血细胞发育图谱;结合转录组、免疫表型和功能三个层面定义了人胚第一个具有多系分化潜能的造血祖细胞群体,即非造血干细胞来源的早期髓系祖细胞YSMP(yolk sac-derived myeloid-biased progenitor)。详情>>


    中性粒细胞稳态和炎症状态下的单细胞发育和异质性图谱

发表期刊:Nature Immunology
文章题目:Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection
发表日期:2020年7月27日


中性粒细胞是天然免疫系统的主要组成部分,作为循环白细胞中数量最多的细胞类型,是宿主抵御入侵细菌等病原体的第一道防线。作者通过优化实验条件,分别对小鼠稳态下的骨髓、外周血和脾脏进行中性粒细胞分离和单细胞RNA测序,并结合生物信息学方法建立了稳态条件下的中性粒单细胞图谱。 详情>>

    首次绘制灵长类动物的血管衰老单细胞图谱

发表期刊:Nature Communications
文章题目:A single-cell transcriptomic landscape of primate arterial aging
发表日期:2020年5月5日

中国科学院动物研究所曲静研究组、刘光慧研究组与北京大学汤富酬研究组合作,在《Nature Communications》杂志上发表论文。这项研究以食蟹猴为研究对象,首次绘制了灵长类动脉血管衰老的单细胞基因表达图谱,进而揭示长寿基因FOXO3A的表达下调是血管衰老的驱动力。详情>>

 
疾病研究

    全方位解析新冠病毒(SARS-CoV-2)的致病机制

发表期刊:Cell
文章题目:SARS-CoV-2 receptor ACE2 is an interferon-stimulated gene in human airway epithelial cells and is detected in specific cell subsets across tissues
发表日期:2020年4月24日

麻省理工学院(MIT)的科学家们通过分析人类、其他灵长类动物及小鼠的单细胞测序数据,鉴定出新冠病毒(SARS-CoV-2)的靶向细胞集,并详细解析了其致病机制,为防治这一流行病及解决药物的耐药性问题提供理论基础。 详情>>


    深入剖析胶质母细胞瘤的异质性

发表期刊:Nature Communications
文章题目:Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
发表日期:2020年7月8日

加拿大麦吉尔大学的研究人员近日开展了一项单细胞转录组学分析。他们发现,胶质母细胞瘤中存在的细胞群与正在发育的人类大脑中的细胞群相对应。这种癌细胞的“等级结构”有望为将来治疗策略的开发提供信息。详情>>


    肺癌治疗导致细胞转录组发生变化

发表期刊:Cell
文章题目:Deciphering human macrophage development at single-cell resolution
发表日期:2020年4月24日

由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间,从转移性肺癌患者中采集了样本,并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析,他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。详情>>

 
技术进步

    13种单细胞RNA测序方法的比较

发表期刊:Nature Biotechnology
文章题目:Benchmarking single-cell RNA-sequencing protocols for cell atlas projects
发表日期:2020年4月6日

单细胞RNA测序(scRNA-seq)是鉴定样本中单个细胞转录组的主流方法。为了确保人们在实验过程中使用最佳方法,由西班牙国家基因组分析中心(CNAG-CRG)领导的国际研究团队对13种单细胞RNA测序方法开展了性能评估。 详情>>


    单细胞转录组数据检索新方法和参考数据库

发表期刊:Nature Communications
文章题目:Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST
发表日期:2020年7月10日

研究人员发布了基于深度学习模型的单细胞转录组数据检索和注释的新方法Cell BLAST,以及具备高质量注释的单细胞转录组参考数据库ACA,为有效利用现有数据进行细胞注释和跨数据集研究提供了新的工具和资源。详情>>




 

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